El Kanato de Siberia fue fundado en el siglo XV, tras el derrumbamiento del Imperio de la Horda de Oro de la casa de los Jochi. La capital original de los kanes fue Chimgi-Tura (la actual Tiumén). Su territorio abarcaba desde el río Yeniséi a los Urales, y desde el Océano Ártico a las estepas meridionales bañadas por el río Irtysh y el Ishim. Con la conquista rusa de Kazán, en 1552, el kan taibúguida de Siberia, Yadigar, se vio forzado a establecer relaciones amistosas con Moscú. Por esto, en el año 1555 envía emisarios a la nueva potencia pidiendo protección, ya que de otro modo el enfrentamiento era inevitable. Pues, también debía temer las invasiones periódicas de los pueblos túrquicos, kazajos y kirguises. Este kan sería depuesto por el nieto de Ibak, Küçüm, tras varios años de luchas (1556-1563). En 1571, se niega a pagar tributo a Rusia, aliándose con el Kanato de Crimea.
Küçüm intentó acometer varias reformas, como convertir a los tártaros siberianos, principalmente chamanistas, al islam. Así le pide al kan de Bujara, Abdullah, que envíe religiosos musulmanes a Kashlik. Con este cambio, que lograría imponer en masa en las ciudades pero apenas en los ríos Irtysh y Obi, o en el Altái, se inicia la apertura de escuelas, enalzando la escolarización.
Antes del 1578 las unidades cosacas del atamán Yermak Timoféyevich se enfrentaron en numerosas ocasiones con las tropas rusas, persas y tártaras en territorios cercanos al río Volga por el control de rutas comerciales de la zona. En el año 1579, perseguidos por las tropas rusas, más de 500 cosacos encabezados por Yermak se trasladaron navegando por el río Kama hacia el Norte. En junio de ese mismo año (1579), se encontraron en el alejado sector del río Chusovaya, en la cercanía de un pequeño poblado levantado por los comerciantes Stróganov. Los Stróganov, era una familia de exitosos comerciantes, industriales, terratenientes y hombres del estado rusos. En 1558, los Stróganov, recibieron un permiso del Zar Iván el Terrible para explorar la abundante región a lo largo del río Kama, y en 1574 para las tierras a lo largo del río Tura y el río Tobol. Recibieron asimismo un permiso, bajo su propio riesgo, para construir fuertes y poblados a lo largo de los ríos Obi e Irtysh. Con los Stróganov, el atamán Yermak Timoféyevich llegó a un acuerdo temporal, brindar protección de ataques tártaros a éste y otros poblados comerciales pertenecientes a los Stróganov, a cambio de alimentos y municiones entregados a la druzhina de cosacos de Yermak. Gracias a esta alianza y acuerdo con los Stróganov, la vida "asentada" de los cosacos de Yermak se mantuvo durante los siguientes dos años (1579-81). Durante ese periodo, en el año 1580, los Stróganov invitaron a Yermak (que contaba con 50 años de edad) a enrolarse oficialmente como comandante de una unidad militar para defender los intereses rusos en la guerra con Letonia. Yermak aceptó y participó con sus cosacos (ahora junto a los rusos) en una batalla por la ciudad de Smolensk.
Los Stróganov habían conquistado la zona entre el río Chusovaya y los Urales, montando un sistema de defensa y fortalezas, llegaron a territorios del kanato. Küçüm, considerando su presencia como una amenaza que los preparativos consistían para su gobierno, atacó a los puestos comerciales de los Stróganov en la zona. Lo que condujo a los rusos a la construcción de fortificaciones en los ríos Tahchi y Tagil, y la formación de unidades mercenarias compuestas por nativos de la zona y por cosacos, como la expedición del cosaco Yermak Timoféyevich contra el kanato.
En 1 de septiembre del año 1581, Yermak libre de compromisos y obligaciones tanto con las autoridades rusas como con los comerciantes Stróganov, decidió dirigir sus hombres al oriente del llamado Cinturón de Piedra (los montes Urales). Los Stróganov, entusiasmados con la idea, convencieron a Yermak para reforzar sus tropas cosacas (540 hombres para aquel entonces) con unidades privadas de los Stróganov (300 mercenarios rusos, peones esclavos, lituanos y alemanes, a quienes los Stróganov, habían comprado al zar), además de proporcionar el equipamiento, municiones y provisiones necesarios. Yermak aceptó las condiciones y encabezó esta fuerza unificada para trasladarse primeramente al norte por el río Chusovaya, y posteriormente hasta el valle siberiano entre los ríos Kama y Obi. Desde allí vía terrestre arrastraron sus embarcaciones hasta el río siberiano Zheravl, donde acampó para pasar el invierno.
Las tropas de Yermak empezaron sus razzias, invadieron el territorio de los mansi, sujetos a Küçüm, atravesando los Urales para llegar a las ciudades principales, siguiendo el curso de los ríos de siberianos. Armados con fusiles, las tropas rusas incursionaron en el kanato en 1578, 1579, y 1580. En esta última ocasión se llegó a al ciudad de Chimgi-Turá, la antigua capital, donde, sorprendido por el invierno, tuvieron que montar campamento. Durante todo el año de 1581, esta fuerza atravesó el territorio conocido como Yugra y avasalló a las ciudades mansis y ostiakos. Fue entonces cuando también capturaron a un recaudador de impuesto de Küçüm. Es entonces cuando el kan Küçüm decide que es momento de atacar a las tropas enemigas, ya que se encuentran lejos de las fortificaciones del Kuma. Ambos contendientes se encuentran a finales de la primavera de 1581, cerca del pueblo de Baba Hasar, el enfrentamiento dura cinco días, pese a la inicial superioridad numérica de los ejércitos del kanato es derrotado por Yermak, principalmente por poseer mejores armas. Pese a la derrota, Küçüm intentaría en dos ocasiones más impedir el paso de los cosacos hacia la capital, aunque de manera infructuosa (pese a haberse hecho con dos piezas de artillería -no tenían personal capacitado para utilizarlas). Grupos de khantys combatieron también a las tropas rusas, pero la ausencia de coordinación con el ejército del kanato hizo que tuvieran que volver a sus tierras de origen.
Como acción preventiva a una sucesión de asaltos tártaros como represalia frente al avance ruso, las fuerzas de Yermak se prepararon para comenzar una campaña, la toma de Kashlik, la capital siberiana. En la primavera del año 1582, navegaron los ríos Zheravl, Barancha y Tagil para llegar a Tura. En Tura y en las cercanías del río Tavda, las tropas comandadas por Yermak se enfrentaron en dos ocasiones con las tropas de los tártaros siberianos y en ambas salieron vencedores. La autoridad de la región, kan Küçüm, sintiendo la amenaza creciente, envió contra Yermak un gran ejército encabezado por el comandante Mametkul. Tras tres días de batalla a orillas del río Irtysh, Yermak venció a una fuerza combinada del kan Küçüm y seis príncipes tártaros aliados. El 29 de junio, las fuerzas cosacas fueron atacadas por los tártaros, pero fueron repelidos de nuevo. Yermak derrotó a las principales fuerzas de Küçüm después de una cruenta batalla (23-25 de octubre de 1582) a orillas del río Irtysh. Durante septiembre de 1582, el kan reunió sus tropas para la defensa de Kashlik. Una horda de tártaros siberianos, masis y ostiakos se congregaron en el monte Chuvash para luchar contra la invasión cosaca. El 1 de octubre fue repelido un ataque cosaco que pretendía asaltar la fortaleza tártara en el monte Chuvash. El 23 de octubre los cosacos intentaron asaltar la fortaleza tártara en el monte Chuvash por cuarta vez, cuando los tártaros contraatacaron. Alrededor de unos cien cosacos murieron, pero sus cañonazos obligaron a la retirada tártara y permitieron la captura de dos cañones tártaros. Las fuerzas de Küçüm huye de la capital el 25 de octubre de 1582 (según el calendario juliano entonces en uso) y Yermak entró en Kashlik (a 17 km de la actual ciudad de Tobolsk) el 26 de octubre de 1582 (se transformo en la fecha a 5 de noviembre según el calendario actual en uso para conmemorar el Dia de Siberia), obligando a las tropas tártaras a retirarse al sur, a las estepas del río Ishim. Sin embargo, en diciembre del 1582, los tártaros encabezados por Mametkul atacaron por sorpresa y causaron numerosas bajas a los cosacos en las cercanías del lago Abalátskoye.
En la primavera del siguiente año (1583), Yermak dirigió a sus hombres al río Vagái, atacó a las tropas tártaras, capturó a su comandante Mametkul y dedicó todo ese verano a la conquista de los poblados, aldeas y ciudades tártaras de la región. Al tomar la ciudad de Nazym, el atamán Yermak envió a sus corredores a los Stróganov y su colaborador cosaco más cercano Ivan Koltso, al Zar ruso Iván el Terrible, para informar sobre los resultados de la conquista. Viendo que tenía muy pocos hombres, Yermak solicita a Iván el Terrible el poder administrar la región por cuenta del zar, pidiendo perdón por los crímenes cometidos como jefe de los cosacos en las llanuras del Don. El emperador accede a la petición y manda hacer sonar todas las campanas de Moscú para celebrar la nueva anexión. Iván recibió la noticia con alegría y junto con recompensas y numerosos regalos para los cosacos, envió en ayuda de Yermak a tropas rusas encabezadas por el duque Semion Voljovsky y el comandante Iván Glújov.
Las tropas de Yermak, que hasta ese momento no habían sido derrotadas, no estaban todavía en situación de controlar el extenso territorio, aparte de los alrededores de Kashlik. Los rusos llegaron a los destacamentos de Yermak en otoño del 1583. Pero para aquel entonces, ya no pudieron ofrecer una ayuda significativa a los cosacos, debilitados por los ataques continuos de los tártaros. Las tribus tártaras, partidarias del soberano depuesto empezaron a reorganizarse en torno a la figura del hermano de éste, Muhammed Kul, quien inició una guerrilla sanguinaria contra las tropas de ocupación, rechazando el encontrarse en campo abierto pero haciendo incursiones continuas en la ciudad controlada por los cosacos. Tal situación se mantuvo hasta que un tártaro deseoso de agradar a Yermak le reveló el lugar donde se escondía Muhammed Kul, permitiendo su captura e infligiendo un fuerte golpe a la resistencia. Después de tales acontecimientos, el kan Küçüm fue abandonado por muchas tribus bárbaras, apoyando en su lugar a Bekbulat, sobrino de Yadigar. Las dos facciones iniciaron una cruenta lucha entre ellas, permitiendo a los cosacos mantener sus propias posiciones hasta la llegada de refuerzos rusos en noviembre de 1583. A pesar de la llegada de nuevos soldados, las situación se vuelve crítica para los cosacos a causa de un fuerte ataque del autoproclamado kan de Sibir, Bekbulat a la ciudad de Kashlik, rechazado con gran dificultad por las tropas rusas.
En marzo de 1584, la guerra causó hambrunas en la ciudad y epidemias entre los soldados. El kan Küçüm que se había retirado a las estepas años anteriores, reagrupó a su tropa. Los principales colaboradores cosacos de Yermak cayeron uno a uno en combate. Dado que Küçüm aún tenía fuerzas con las que resistir, atacó a Yermak el 6 de agosto de 1584 a altas horas de la noche y mató a la mayor parte de su armada. Se discute sobre los detalles con las fuentes rusas, las cuales afirman que Yermak fue herido e intentó escapar nadando a través del río Vagái (un afluente del afluente Irtysh), pero se ahogó por el peso de su propia armadura. Las fuentes tártaras afirman que esta historia fue inventada para salvaguardar su honor, y de hecho fue salvajemente masacrado junto con el resto de sus soldados y experimentaron una muerte anónima. Las tropas supervivientes, a las órdenes del atamán M. Mescheryak abandonaron la ciudad de Kashlik, destruyendo la ciudad a su salida. Después de dos años de dominar Siberia, los cosacos se retiraron en dirección a Rusia, para volver un año después. Al enterarse del acontecimiento, Glújov, gobernador de Sibir nombrado por el zar, no estima oportuno el conservar la ciudad de Kashlik, que se encontraba defendida por un reducido contingente compuesto por 150 hombres entre rusos y cosacos. El 15 de agosto se decide la retirada del kanato. La capital fue reocupada pocas horas después por las tropas de Bekbulat, guiadas por su hijo Seyyid Ak
Entretanto, un contingente ruso formado por un centenar de hombres entraba por el norte sometiendo, en el curso alto del Irtysh a la tribu de los khanty, sin pretender todavía reconquistar el kanato. Enterado de que Kashlik había sido abandonada por los rusos, el zar se apresuró a formar un nutrido ejército para reconquistar la región, utilizando una táctica diferente. En 1586 volvieron los rusos, avanzaron hasta el río Turá sin encontrar resistencia y después de someter a vasallaje al kanato y a los mansis mediante el uso de su artillería, establecieron una fortaleza en Tiumén, cerca de las ruinas de Kashlik, la antigua capital del kanato, destinada a ser una cabeza de puente en el corazón del territorio enemigo.
En 1587, un nuevo grupo de soldados llega a la ciudad. Aquí empieza la conquista definitiva de la región, que se prolongará hasta 1598 a causa de la guerrilla comandada por el anciano kan Küçüm. Las tribus tártaras que eran sumisas al kan Küçüm recibieron varios ataques por los rusos entre 1584 y 1595. Sin embargo, el kan Küçüm no fue capturado. Finalmente, en agosto de 1598, obligado a presentar batalla en campo abierto el kan Küçüm fue derrotado en la batalla de Urmín, cerca del río Obi. En el transcurso de la contienda, la familia real siberiana fue apresada por las tropas rusas. No obstante, el kan Küçüm volvió a escapar. Los rusos llevaron a los miembros de la familia del kan Küçüm a Moscú, donde permanecieron como rehenes. Los descendientes de la familia del kan pasaron a ser conocidos como los Príncipes Sibirski y se sabe que la familia existió hasta al menos finales del siglo XIX. A pesar de su huida personal, la captura de su familia acabó con las actividades políticas y militares del kan Küçüm y se entiende que se retirara a los territorios de la Horda de Nogay al sur de Siberia, pasando las tierras al control del Zarato Ruso. Se ha averiguado que había estado en contacto con el zar y había pedido que se le garantizara una pequeña región a orillas del río Irtysh como dominio propio. Esta petición fue rechazada por el zar, quien propuso al kan Küçüm que se dirigiera a Moscú y se "acomodara él mismo" al servicio del zar. No obstante, el viejo kan no quiso sufrir tal desprecio y prefirió permanecer en sus propias tierras a "acomodarse él mismo" en Moscú. Se cree que el kan Küçüm se dirigió entonces a Bujará y siendo ya anciano se quedó ciego, muriendo en le exilio lejos de sus parientes, alrededor de 1605.
Tras la muerte del kan y la disolución de toda resistencia siberiana organizada, los rusos avanzaron en primer lugar hacia el lago Baikal. La expansión rusa en el área de los buriatos alrededor del lago Baikal entre los años 1628-58 es considerada parte de la conquista rusa de Siberia. Se realizó por primera vez remontando el río Angara aguas arriba desde la localidad de Yeniseysk (fundada en 1619) y más tarde desplazándose hacia el sur desde el río Lena. Los rusos habían oído hablar por primera vez de los buriatos en 1609 en la ciudad de Tomsk. De acuerdo con algunos cuentos populares relatados un siglo después del hecho, en 1623, Demid Pyanda, que pudo haber sido el primer ruso en llegar al Lena, cruzó desde la parte superior del Lena al Angara y logró alcanzar Yeniseysk.
Vikhor Savin (1624) y Maksim Perfilyev (1626 y 1627-28) exploraron el país Tungus en el Angara bajo, hacia el oeste, la localidad de Krasnoyarsk, en el Yenisei superior, fue fundada en 1627 y desde allí partieron hacia el este una serie de mal documentadas expediciones. Maxim Perfilyev recordado por sus habilidades diplomáticas en las negociaciones con tunguses, mongoles y chinos y por haber sido el primer ruso que entró en la región de Transbaikalia. En 1618-19 Perfilyev fue uno de los cofundadores del fuerte (ostrog) de Yeniseysk, el primer fuerte ruso establecido en la parte central del río Yeniséi, uno de los grandes ríos siberianos, y que sería un importante punto de partida para las expediciones que se harán más hacia el este. Entre 1618-27 realizó varios viajes en los ríos Lena, Tunguska Superior, Angara e Ilim, construyendo varios nuevos ostrogs. En 1631 fundó el fuerte Bratsky, a orillas del Angará (el origen de la moderna ciudad de Bratsk). En 1638 Perfilyev cruzó desde el Angara el portage del Ilim hasta alcanzar el río Lena y descendió aguas abajo hasta Olyokminsk. Volviendo, navegó por el río Vitim en el área oriental del lago Baikal (1640), donde escuchó informes sobre el país del Amur. En 1641 se fundó en la parte superior del Lena una nueva localidad, Verjolensk. En 1639-40 remontó navegando el río Vitim hasta alcanzar la confluencia con el Tsipa, convirtiéndose así en el primer ruso que entraba en la región de la Transbaikalia, entonces conocida como Dauria. Perfilyev dio su nombre a la aldea de Maksimovschina, donde estaban sus tierras de caza a orillas del río Irkut. La bahía Maksimikha, en el lago Baikal (parte de la gran bahía de Barguzin) y el cabo Maksimin, en esa misma bahía, así como el cercano pueblo de Maksimikha, también llevan su nombre. Fue el primer colono de Maksimikha, donde vivía con su esposa de la etnia buriatia. Su hijo Iván Maksimovich Perfilyev fue también un famoso voevoda y diplomático en Siberia.
En 1629, Yakov Khripunov partió de Tomsk para encontrar una mina de plata de la que había muchos rumores. Sus hombres pronto empezaron a saquear tanto a los rusos como a los nativos. A ellos se les unió otro grupo de Krasnoyarsk, pero abandonaron el país buriato cuando escasearon los alimentos. Su incursión hizo que fuera difícil que otros rusos entrasen en la zona. En 1631 Maksim Perfilyev construyó un ostrog en Bratsk. La pacificación tuvo un éxito moderado, ya que en 1634 fue destruida Bratsk y muerta su guarnición. (La historia cuenta que los buriatos, que no sabían cómo utilizar armas de fuego, decidieron quemar los mosquetes, junto con los cosacos muertos. El fuego provocó que las armas de fuego se disparasen y matasen a unas pocas personas, lo que llevó a pensar a los buriatos que los rusos seguían luchando después de muertos.) En 1635 Bratsk fue reconstruida por una expedición de castigo al mando de Radukovskii. En 1638 fue sitiada de nuevo sin éxito.
Inicialmente Kurbat Ivanov era un cosaco yeniseyano de Tobolsk. En 1642 hizo el primer mapa del Lejano Oriente de Rusia, basándose en las exploraciones de Iván Moskvitin. Ivanov llegó al ostrog de Verkholensky, en el río Lena, y tomando 74 hombres con él, partió el 21 de junio de 1643 navegando hacia el sur por el río, decidido a averiguar si los rumores sobre la existencia de una gran masa de agua existente al sur del Lena eran ciertos. Se llevó consigo a un príncipe tungus, Mozheul, para que le ayudase a encontrar el camino. A través de la parte superior del Lena y de su afluente Ilikta llegaron a las cordillera Primorsky, cruzaron a pie, y por el río Sarma descendieron al lago Baikal cerca de la isla de Oljón el 2 de julio. Después de construir barcos nuevos, Ivanov, navegó a dicha isla. Ivanov, envió 36 hombres al mando de Semyon Skorokhodov a navegar a lo largo de la orilla occidental del lago Baikal hasta la desembocadura del río Alto Angará, proporcionándoles como asistente a otro príncipe tungus, Yunoga. Skorokhodov llegó con éxito a la punta norte del Baikal, construyó un asentamiento de invierno allí y comenzó a recabar tributos de la población local. A finales de 1643 Skorokhodov, de regresó al sur con la mitad de sus hombres, fue emboscado por Arkhich Batur (probablemente un buriato) y mató a algunos de sus hombres. Doce hombres lograron regresar al ostrog de Verkholensky, mientras que otros dos, llamados Lyovka Vyatchyanin y Maksimka Vyzhegchyanin, viajaron hasta el ostrog de Yeniseisk por el Angará y el Yeniséi . Este último cosaco regresó más tarde al Baikal con el atamán V. Kolesnikov.
Kurbat Ivanov mismo regresó sano y salvo al ostrog de Verkholensky por el mismo camino que había seguido hasta el Baikal. Creó un documento llamado "La Carta del Baikal y en las las tierras y ríos que fluyen al Baikal..." ("Чертеж Байкала и в Байкал падучим рекам и землицам"). Relató historias sobre un montón de peces en el lago Baikal y un montón de animales marinos en sus costas, y muchos cosacos llegaron posteriormente al Baikal por la vía que él exploró.
En algún momento de su vida Kurbat Ivanov también sirvió en la parte baja del río Lena en Zhigansk. Entre 1659-65 se desempeñó en la ostrog de Anadyrsky (fue el siguiente jefe del fuerte después de Semión Dezhniov). En 1660 navegó desde el golfo del Anádyr hasta el cabo Dezhneva. Basándose en sus propias exploraciones, en las exploraciones de Dezhniov y de Popov y en relatos recogidos de los lugareños, Kurbat Ivanov creó un mapa de Chukotka y del estrecho de Bering, que fue el primero en mostrar la aún por descubrir la isla de Wrangel, ambas islas Diomedes e incluso Alaska. Sin embargo, todas estas tierras, excepto la costa de Chukotka se muestran de forma tan esquemática que es poco probable que Ivanov o cualquier otro ruso la hubieran visitado o visto antes. Hasta 1732 Alaska no fue vista por primera vez, haciéndolo la expedición de Iván Fiódorov y Mikhail Gvozdev y fue registrada documentalmente; la isla de Wrangel fue descubierta mucho más tarde.
En 1644 Iván Pokhabov subió el Angara hasta el Baikal, convirtiéndose tal vez en el primer ruso en utilizar esa ruta, difícil debido a los rápidos. Cruzó el lago y exploró el río Selenga inferior. Hacia 1647 repitió el viaje, obteniendo guías y visitando al 'Tsetsen Khan' cerca de Ulan Bator. En 1648, Iván Galkin construyó un ostrog en el río Barguzin que se convirtió en un centro para la expansión hacia el este. En 1652 Vasily Kolesnikov informó desde Barguzin que se podía llegar al país de Amur, siguiendo los ríos Selenga, Uda y Khilok hasta alcanzar los futuros sitios de Chitá y Nerchinsk.
Piotr Beketov comenzó su servicio militar como guardia (streltsí) en 1624 y fue enviado a Siberia en 1627. Fue nombrado voevoda de Enisei y procedió en su primer viaje con el fin de recaudar impuestos de los buriatos de Zabaykalye. Logró superar los rápidos del río Angará y llevó a cabo su misión con éxito y fue el primer ruso en entrar en Buriatia, donde fundó el primer asentamiento ruso, la fortaleza (Ostrog) Rybinsky. Beketov fue enviado al río Lena en 1631 y al año siguiente él y sus cosacos fundaron Yakutsk, que se convirtió en una base para otras expediciones hacia el este. Beketov envió a su cosacos para explorar el río Aldan y aguas más abajo en el propio Lena, para fundar nuevas fortalezas y recaudar impuestos de los locales. En 1640 transportó los impuestos recaudados a Moscú, donde a su llegada fue nombrado comandante de los streltsí y de los cosacos y, en 1641, Beketov regresó a Ostrog Enisei ya como jefe de la fortaleza. En 1652 puso en marcha el segundo viaje de recogida de impuestos a Buriatia, y en 1653 los cosacos de Beketov remontaron el río Selenga y fundaron una nueva fortaleza, Ostrog Irgensky, a orillas del lago Hilke Irgen. Después de superar ese otoño los montes Yáblonoi, pasaron a la cuenca del Amur y en las orillas del río Ingoda construyeron un asentamiento de invierno, que se convertirá en la actual ciudad de Chitá. En el año siguiente, ese invierno uno de sus hombres, Urasov, fundó la futura Nerchinsk. En 1655, sus cosacos fueron sitiados en la Ostrog Shilkinsky (la actual ciudad de Shilka) por buriatos rebeldes y, después de su pacificación. La siguiente primavera trató de ocupar Nerchensk, pero fue obligado por sus hombres a unirse a Stephanov en el Amur. Nerchinsk fue destruido por los tungus locales, pero restaurado en 1658. Beketov volvió a Tobolsk en 1661, donde se reunió con el protopope Avvakum y probablemente murió en ese mismo año.
Los exploradores rusos Iván Moskvítin y Vasili Poyárkov fueron los primeros europeos en visitar el mar de Ojotsk y la isla de Sajalín en la década de 1640. El primer y principal asentamiento ruso en la costa fue Ojotsk: en 1647 los cosacos fundaron un asentamiento (зимовье), y en 1649 construyeron una fortaleza (острог). En 1716 Kuzmá Sokolov construyó en Ojotsk el primer barco y con él llegó por mar a la península de Kamchatka. Ojotsk se convirtió en un puerto y esa ruta se hizo tan popular entre los navegantes de Rusia que en 1731 Ojotsk se había establecido firmemente como el principal puerto ruso en el Pacífico. Ojotsk también fue un centro para las actividades de pesca y comercio de pieles, aunque perdió su supremacía comercial en la década de 1840 en favor de Ayán. La Compañía Ruso-americana monopolizó toda la navegación comercial en el mar en la primera mitad del siglo XIX. Del puerto de Ojotsk fue de donde partió Vitus Bering en sus dos extraordinarias expediciones, en las que descubrió el estrecho de Bering, en la primera, y Alaska, en la siguiente. En la segunda expedición a Kamchatka, a partir de 1733, los hombres al mando de Bering cartografiaron sistemáticamente toda la costa de este mar. La Pérouse y Robert William Broughton fueron los primeros navegantes europeos no-rusos de que se tiene noticia que navegaron por estas aguas. Iván Krusenstern exploró la costa oriental de Sajalin en 1805. Mamiya Rinzo y Gennady Nevelskoy determinaron que Sajalín era una isla separada del continente por un estrecho estrecho. El primer resumen detallado de la hidrología del mar fue preparada y publicado por Stepán Makárov en 1894.
El siglo XVII vio el conflicto por el control del Amur entre los rusos, que se expandían por la Siberia oriental, y el recientemente ascendido Imperio Qing, cuyos bases originales estaban en el sudeste de Manchuria. Dos expediciones de cosacos rusos liderados por Vassili Poyarkov y Yerofey Khabarov exploraron el Amur y sus afluentes en 1643-44 y 1649-51, respectivamente. Los cosacos establecieron el fuerte de Albazin en el curso superior del Amur, en el lugar de la antigua capital de los solons. En ese momento, los Qing estaban ocupados con la conquista de China; pero unas décadas más tarde, durante el reinado de Kangxi, dirigieron su atención a su patio del norte de Manchuria. Se restableció Aigun cerca del supuesto sitio Ming (aprox. 1683-84) y antes fueron enviadas varias expediciones militares para desalojar a los rusos, cuyo establecimiento de Albazin había privado a los gobernantes Manchú de los tributos de pieles que los pueblos de la región, solons y daurs, les satisfacían anteriormente. Albazin cayó durante una breve campaña militar en 1685. Las hostilidades concluyeron en 1689 con la firma del Tratado de Nerchinsk, que dejó todo el valle Amur, aguas abajo desde la confluencia de los ríos Shilka y Argun, en manos chinas.
La región de Amur siguió siendo un remanso durante el siguiente siglo y medio del Imperio Qing, con Aigun siendo prácticamente la única gran ciudad a orillas del río. Los rusos reaparecieron en el río a mediados del siglo XIX, lo que obligó a China a ceder al Imperio Ruso todas las tierras situados al norte del río y en los montes Sijote-Alin por el Tratado de Aigun (uno de los tratados desiguales suscritos en 1858). Aunque no se mencionaba en el tratado, China también renunció a partir de entonces a sus reclamaciones sobre la isla de Sajalín, dejando vía libre a la colonización de la misma por parte de rusos y japoneses, que ya habían delimitado sus zonas de influencia en la isla en 1855. Se acordó también que los ríos Amur, Sungari y Ussuri serían abiertos exclusivamente al tráfico de buques chinos y rusos, y que no existirían restricciones al comercio entre ambas potencias en el área. Los residentes manchúes que quedaron en la zona rusa fueron autorizados a permanecer en sus hogares y comerciar libremente con los establecidos al otro lado de la frontera. Por último, se acordó que las islas situadas en los ríos Amur y Ussuri serían gobernadas de forma conjunta por ambos países. Las tierras al este del río Ussury y en el bajo Amur fueron adquiridas también por Rusia por la Convención de Pekín (1860) y esta adquisición fue seguida por la migración de colonos rusos a la región y la construcción de ciudades como Blagovéshchensk y, más tarde, Jabárovsk.
El desplazamiento de población rusa hacia el este se mantuvo a lo largo de todo el siglo XVII. Todos los pueblos aborígenes siberianos, la mayoría por buena voluntad acordaron pagar tributos al Zar. Tan sólo en el ultimo cuarto del siglo los recién llegados se encontraron con la resistencia de un ejercito organizado, en las fronteras con China. Tras la firma del Acuerdo de Нерчинский (Nierchinskii) con el Imperio Tsin en 1689 concluyo la historia de incursiones de ocupación territorial de gran escala en Siberia por parte de los rusos. Siberia permaneció largo tiempo como un territorio escasamente poblado y alejado de relatos documentados con escasas misiones exploratorias y comerciales en los siglos siguientes, sin embargo, un nuevo grupo se fue agregando paulatinamente a la población de este sector de Rusia: prisioneros enviados desde el oeste de Rusia o de territorios bajo el dominio de los Zares de modo que en el siglo XIX existía un total de 1,2 millones de deportados en la región.
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